与全国多数地方一样，在公立医院改革前，三明原有医药卫生及医疗保障体制机制存在诸多弊端，如何勇淌医改“深水区”，打破“以药养医”，成了摆在三明面前的一个难题。

管理体制“多龙治水”，政府办医责任不明确。三明市卫生局党委书记包书彬说，医改之前，相关领域往往由2个或以上的政府领导管理，政令不一;在具体管理部门上，卫生部门负责医疗业务管理，人事编制部门负责编制核定和人事、工资管理，发改部门负责医疗发展规划和基本建设，存在“多头管理”现象。

同时，政府把医院等同于一般事业单位，在人事管理上定编定人定岗，实行院长任命制和职务级别制;在薪酬管理上实行事业单位的档案工资制;在机构设置上按行政区域设立，使得公立医院处于无序竞争状态，城市大医院的“虹吸现象”日益严重，医疗资源浪费与紧缺并存。

职工医保严重亏损，医保政策不统一和双轨制为医院“创收”提供空间。三明市卫生局副局长余修芹介绍说：“三明是老工业城市，退休人员比重较高，2010年三明全市职工医保统筹基金收不抵支14397万元，财政无力兜底，当时基金欠付全市22家公立医院医药费1700多万元。”

余修芹说，在医保政策上，城镇职工实行职工医保政策，城镇居民实行居民医保政策，农村实行新农合政策，出现缴费标准不一、享受医保政策不一的问题。不论哪一类的医保政策，都采取政策内、政策外的双轨制报销办法，这就使政策外医药费用游离于监控之外，为医院“创收”提供了空间。

“以药养医”现象让百姓“看病贵”。三明市委常委、三明深化医改小组组长詹积富为记者算了一笔账：“改革前，我们对药品流通领域进行了摸底，发现药品企业 通过省外企业倒票，省级采购中标价是出厂价的好几倍甚至几十倍，最终患者支付的价格也是出厂价的几倍甚至几十倍。

销售价和出厂价之间的差额，由医疗机构获得15%的药品加价，医药代表获得20%左右推销费，医生获得30%左右的处方回扣费。药价虚高直接导致医疗资源的严重浪费，让患者花了不少冤枉钱，吃了不少冤枉药。过度检查、过度用药、过度治疗的现象普遍存在。”